在摩洛哥、墨西哥和日本发生的三个故事。
　　理查德（布拉德·皮特 饰）和妻子苏珊（凯特·布兰切特 饰）因为婚姻危机，去摩洛哥旅行，苏珊在旅行车里遭遇枪击，为了医治苏珊，一车美国游客不得不在摩洛哥的小村滞留，而警方也将此次事件上升为恐怖袭击，展开了调查，其实真相却惊人的简单。
　　理查德夫妇滞留在摩洛哥，影响到了家里的孩子们，墨西哥保姆为了参加儿子的婚礼，只能让她的侄子（盖尔·加西亚·贝纳尔 饰）开车带着她和孩子们一起去，但是，从墨西哥过境回来的时候，他们遇到了麻烦，警方怀疑她绑架美国小孩，事情开始不受控制。
　　日本，聋哑少女千惠子孤寂地生活在无声的世界中，母亲的自杀使她和父亲的沟通越发困难，由于自己的残疾，她也得不到异性的关注，性格越发叛逆。于是，她用自己的方式，和世界沟通交流。

　　高贵的王子塔米诺（约瑟夫·凯泽 Joseph Kaiser 饰）和女孩帕米纳（埃米·卡尔森 Amy Carson 饰）两情相悦，但他们必须战胜帕米纳那恶毒而又善妒的继母夜后（里尤波夫·比特罗娃 Lyubov Petrova 饰），才有可能走到一起。
　　夜后施法令塔米诺和帕米纳永远的置身于黑夜之中，而取得光明的唯一方法，掌握在光明使者萨拉斯特罗（勒内·帕佩 René Pape 饰）的手中。而当萨拉斯特罗准备进入帕米纳所在的城堡营救她时，却遭到了夜后的袭击。之后，王子也身受重伤陷入了昏迷之中，所幸得到了三名白衣人的救助。白衣人化身成为了护士，将塔米诺送到了帕米纳的身边，为了帮助爱人战胜夜后，帕米纳将魔笛赠送给了王子。一场实力悬殊的正邪大战即将拉开序幕。