神城麻郁（浪川大辅 配音）从小在孤儿院长大，除了一张年代久远的照片外，他对自己的过去一无所知。一次偶然中，他在电视上看到了和自己手中照片上一模一样的房子，为了弄清楚自己的过去，他搬到了那幢房子里，并进入当地的高中就读。
　　某天上学途中，麻郁遇见了正要被人非礼的女孩宫藤深衣奈（中原麻衣 配音），他意外的发现，自己和宫藤深衣奈有着相同颜色的眼眸。让麻郁没有想到的是，当晚，深衣奈竟然出现在了自己家的门口，并拿出了和麻郁一模一样的照片，声称自己饰麻郁的双胞胎妹妹。就这样，麻郁开始了和深衣奈的同居生活，随着时间的推移，两人之间的关系逐渐亲密起来。

　　圣诞夜，退役自行车选手Gin，性倒错者花，离家出走的少女美由纪三人在东京的雪夜中无所事事。这时，他们发现垃圾堆中有一位哭泣的弃婴。孩子的襁褓中仅有一个酒吧的名片与照片。婴儿的父母身份成了谜团。 花想收留孩子，并将孩子取名清子。但另外2人表示反对。于是三人开始了寻找清子父母的旅程。圣诞夜幸福的气氛，伴随的却是怀中清子的哭泣。无家可归的三个人，开始为同样无家可归的清子找寻属于她的家。这一队流浪者，在一夜经历了诸多奇妙的事件。他们能找到清子的父母吗？

　　东叶月（能登麻美子 配音）爱上了身为同性的初美（清水爱 配音），然而，她深爱的人儿却在十六岁生日那天莫名消失了。为了寻找初美，叶月来到了图书馆，在这里，等待着她的是名叫莉莉丝（小林沙苗 配音）的图书管理员。莉莉丝告诉叶月，初美的真身其实正是创世始祖夏娃，此时的她正在无数个平行空间里的某一个中生活。
　　莉莉丝意外发现叶月的样貌和亚当很像，因此而爱上了她，于是，两人结伴，踏上了寻找初美的旅途。穿越在一个又一个迥异的世界中，遇见各种各样的旅人，叶月和莉莉丝并不知道，这趟旅途的终点在哪里，亦不知初美是否会在那里等待着她们。

　　这部《新北斗神拳》OVA依然以小说为蓝本改编而成，作者虚构了一个人类文明衰亡的环境，友情、亲情……一切理智下建立的秩序需要由力量来维持。主人公健次郎背负着沉重的宿命，在一次次生死搏杀的同时体验着人生的悲欢离合，也昭示了人性的可贵。和《圣斗士冥王十二宫》一样，这部OVA动画也采用了3DCG 和2D画面结合的方式，在第一话的声优名单里，你还可以惊喜的发现子安武人这样的名字。相对于老版本，《新北斗神拳》在情节上相对紧凑了许多，原哲夫式的紧张气氛、健次郎李小龙般的动作特点都变得越发明显。充满张力的画面，也许可以帮FANS们找回当年对那份北斗神拳的痴迷感觉。