年幼的爱力克兄弟十分思念去世的母亲，不惜触犯炼金术中最大的禁忌，进行了人体炼成。可是炼成失败了，哥哥爱德华失去了左腿与右臂，弟弟阿尔冯斯失去了肉体，只能把灵魂附身在一副铠甲上。为了偿还他们自己的罪，找回失去的一切，兄弟二人踏上了寻找传说中的“贤者之石”的旅程。
　　几年后，一位右臂与左腿都是由“机械铠甲”替代的国家炼金术士出现在人们的眼前，他被称作“钢之炼金术师”。

　　年幼的爱力克兄弟十分思念去世的母亲，不惜触犯炼金术中最大的禁忌，进行了人体炼成。可是炼成失败了，哥哥爱德华失去了左腿与右臂，弟弟阿尔冯斯失去了肉体，只能把灵魂附身在一副铠甲上。为了偿还他们自己的罪，找回失去的一切，兄弟二人踏上了寻找传说中的“贤者之石”的旅程。
　　几年后，一位右臂与左腿都是由“机械铠甲”替代的国家炼金术士出现在人们的眼前，他被称作“钢之炼金术师”。

　　自从中东乌拉圭的遗迹调查设施天国之门的大爆炸，或是说xx(Twin x)以后已经過了十几年。Twin x可以说是历史上最大的灾难。在那以后的世界，因为天空被封闭的镜“Sheltering Sky”所覆蓋，地磁场变得异常，以电脑为主的电子仪器全都不能使用，人类回到了以前的时代的生活。
　　被认定为Twin xx的主犯的圆輝道博士的子女——龙也和紀世子承受着世间的嘲讽，同时，又肩负着母亲死后遗留下來的庞大的债务，过着逃避债主的生活。
　　直到一个下雨天，二个人在街上的西式建築碰到了三个青年，命运的軸轮终于开始转动，将他們带向不可知的未來……
　　Twin xx爆发真正的原因是什么？天国之门又是什么？
　　圆博士和GILGAMESH，露加和伯爵夫人的真意是什么？
　　各种各样的迷团冒出來，关系着世界命运的战斗，被操纵，究竟会去向何方？